楼主这个问题问得有点大哦，我就按我知道的，大致分享一下吧。
具体的，楼主肯定需要再细化的。
首先说安全，其实相对还好，我自己感觉还好。基本还是比较放心的。但是当然，这种没有绝对。比如说，象深夜尽量不要单独一个人去小印度或是唐人街闲逛呀之类的。这种的要注意，别的我感觉还好。

然后要根据你的总的假期时间，选定旅游的城市。我按我知道的，大致介绍一下：
先说西马：
基本上国人常去的几个地方： 、马六甲、热浪岛、槟城、兰卡威；
（网上截了一张图，我标注了一下，供你参考）

兰卡威和热浪岛都是属于海岛，其实不用都去，二选一吧。

，基本上国内来往马来西亚 是必经之地。也是马来的首都。属于马来西亚的行政中心。
好多经典的景点建议去看看：唐人街、老火车站、国家清真寺、独立广场、苏丹阿都沙末大厦；武吉免登：十号胡同、阿罗街吃小吃。然后还有地标，双子塔；建议游玩时间2天；周边还有云顶或是黑风洞、布城，可以按自己喜好添加。
市内的线路还可以坐免费的巴士：
下面是网上下的 GoKL 免费巴士路线，你可以研究下：

然后就是马六甲：马六甲离 相对比较近，基本上2个小时的车程。从 市内的TBS或是 的机场都有很多班次前往马六甲。
这是一个历史非常深厚的小城，建议在这里住一晚。红屋周边，还有圣保罗教堂、鸡汤街逛逛，三叔公家去买点手信；然后地理学家喝杯咖啡，坐一坐；还有鸡粒饭偿一偿；

再然后是槟城：个人以为，槟城最吸引我的是美食。太赞了：潮州煎蕊，红豆冰；四大金刚，还有些好吃的烧肉饭，太多了。一定要去，当然槟城也有历史人文。康华丽古堡、升旗山、姓氏桥，还有海滩，值得你花时间在那里玩玩的。这里我会建议你2-3天；
我最爱的潮州煎蕊

槟城附近还有兰卡威，这是海岛；
基本上我知道的兰卡威，就是参加当地的红树林一日游这种；
或是可以租车环岛；沙滩晒太阳，进行浮潜或是深潜等水里活动，还有当地的水上运动等；
从槟城到兰卡威可以坐船去。从 到槟城有飞机、大巴、火车；兰卡威也有来往于 的飞机；

如果海岛选择热浪岛的话：
从 有直接的大巴到登嘉楼，当然亚航也有直达的飞机到登嘉楼。
然后从登嘉楼再坐车到码头，从码头坐船上岛。
另外从槟城也有长途大巴，可以直接到登嘉楼。
热浪岛的话，网上会有那种打包价，就是住宿+餐饮+岛上的浮潜活动打包在一起的套餐。有些可以直接从接机开始，所以非常方便。

以上这几个地方都是西马的，再然后就是东马了。
沙巴，位于整个东马婆罗洲的最北面。沙巴的首府是亚庇。这个名字就应该熟了。
亚庇的话，离市内约一个小时的美人渔岛，可以渡假浮潜；丹绒亚路海滩看日落；还有红树林，看萤火虫；有时候可以去水上清真寺拍拍照，非常漂亮；
然后东马还有最为我们熟知的就是仙本那，以及周边的海岛。非常漂亮，景色可以譬美马尔代夫。但是有些热门的海岛的水屋数量有限，所以要去，要提前订的。 到亚庇有飞机；去仙本那的话，一般也是飞机， 或是亚庇飞斗湖，然后再乘大巴去仙本那；
或者你也可以就安排纯东马的线路，相对更偏向于自然风景些。一切都要看你的总的游玩天数而定。

以上大致按我自己的一点小经验分享了马来的几个相对比较热门的旅游城市的一些大致的信息，希望能给楼主一个大致的了解，你可以结合你自己的喜好筛选一下。
以上希望对你有帮助！祝玩得开心！
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槟城吃吃吃，马六甲鸡场街夜市
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