@Hiyori 前文回答确有错误，已作修正。下文基于实际体验给有需求的蜂蜂。我在 呆了几天，去了几个旅行者都会去的景点。公车是人数少，而且拼车或英文不方便者都是好的选择。
游览体验
可以搭乘的交通系统包括BART,MUNI, Caltrain, 其中Muni又有Muni地铁，MuniBus，还有CableCar和其他Bus。买票话BART，Caltrain根据距离计价，Transfer，CableCar。还有各种游客的Citypass, Muni pass，叫人眼花缭乱。
建议，如果只去1，2天就直接买票好了，千万别买任何pass。如果去多天，假如是5天，依赖publictransport，建议入手一张clipper，除了cablecar，到处都能刷卡，自动计算优惠票价，非常方便！
在机场买的时候，可以去服务台，卡有工本费3刀！最后退卡要收5刀手续费，余额还只能以支票的方式n个工作日之内返还，所以对于我们这种游客，办了这个卡的3刀就不要指望退了。当然比起其他交通工具省钱省心多了。充值的时候要悠着点，目标是最后离开时卡里剩尽量少的钱。
Clipper交通卡的中文资讯可在官网查到。
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公交车和有轨电车的票和Muni地铁一样都是2美元。Muni巴士基本能够达到市内的每一个角落。 1.5小时内能免费再次乘搭任何巴士。景点多花时少的时候特别爽。
在 需要经常使用公共交通，可以购买Clipper交通卡。此卡适用于几乎所有的市内公共交通例如BART、Muni、巴士等，线路覆盖全城，极为方便。

地铁 的地铁有两种，一是BART，二是Muni。 BART是独立的系统，有自己的票价系统，只有月票，没有几天的通票。Bart 在 的站点不多，只有市中心Market 街上4 站和Mission 地区2站，但估计这是最快的公共交通。Bart 还有一个便捷之处，它直通机场和市中心，就算你只身一人来旅行，也可以轻松往返机场。

MUNI只是 城市铁路的简称，他下面的交通工具包括了轻轨，电车，巴士，cable car等等
Muni的线路只通行 市内，而BART能连接 机场到 市区和湾区的东湾等地。
Muni 站点地面上和地下都有。在陆上的Muni站会有特定站台，当地人称它为“路中岛”（Island）。
有一些Muni地铁站和BART的地铁站是共用的，但是不能在站内换乘，如果需要换乘要出闸重新购票换乘。
市中心和Mission 地区的地铁站和有轨电车站在同一地点。公交站通常在路边，以数字区分，数字后接L 的为快车，停靠站数比普通车少。
公交车 地区的巴士交通主要有三家公司运营：主营市区是Muni巴士。

缆车当当车是 最有名的交通工具，相当受欢迎。现在只剩下3条线路，分别为南北向连结鲍威尔街与渔人码头的鲍威尔·海德街线，鲍威尔·梅森街线，以及东西向行驶于加州街的加州线。平时搭乘缆车的人较多。
乘车： 乘客可以在缆车的起点、终点或路上任一设有站牌的地方上车。
注意：如果中途上车，请在人行道上等车，车来时要向司机挥手示意。 车厢的两边都可以上车，请务必等缆车完全停稳后再上车。乘客可以选择坐或站在车厢内，也可以攀住外侧的栏杆，沿路上驾驶会提醒攀在栏杆上的乘客注意安全。缆车行走缓慢，可能要等1~2小时才能上车。
缆车当当车线路图：

吐槽不值得一坐的cable car
首先这个车的花费非常高！许多人想，那我买个daypass，坐两次cablecar就值会票价了！这个车班次很少，开的异常缓慢，而且游客巨多巨多！在PowellSt & Market St的总站那个排队的长龙，至少30分钟才上车，加上天气很冷。上车之后，车厢里有一半是有窗户包住的，坐进了这一半，基本上因为人太多，你什么风景都不用看了，还有一半是半敞开式的，也就是大家看到人可以站在阶梯上那种，根据 寒冷的天气，想你也不会很想坐在外面，而且把身体伸车外是被禁止的，只有车停下来照相的时候才有人这么做。
所以我觉得这个车完全不值得一坐，PowellSt总站那里有时候车来了不会立即让人上车，会停很久供人拍照，就去拍拍照，然后看看车是怎样换轨的就足够，千万不要花钱上车！
公交路牌太简陋
这里的公交站，不是每个都有带雨棚的车站，按照常理，你看到路对面有个车站，路的这边应该也有一个，路口都没见车站，车居然就停下来了，发现了在路口灯柱上的简陋标志，如下图，各位找公交站的时候一定要注意灯柱！

公交还是挺方便的，四通八达，很多车站都有电子显示还有几分钟，非常准时。BART还是不错的，没啥人，位置都是软座。买票那个真的很不智能，不过如果就是去玩儿一两天，其实坐BART的机会也不是很多。
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旧金山本地人负责任地告诉你，并不推荐游客买交通卡。
如果真的打算去很多景点、或者玩7天以上的话，推荐买Muni Passport。

当前一楼 @淡雅 的回答信息部分有误，希望不要误导别人谢谢。

另外， 的公交车（Muni）其实很不靠谱+慢，我最推荐的代步方式是Uber或Lyft。方便+快捷不说，旅游景点之间距离都很近，人多摊下来一般比公交便宜。就算人少，用Uber Pool或者Lyft Line（拼车），一般也还是比公交便宜。据说现在滴滴在美国可以直接叫Uber。


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交通系统概况

最常用的交通系统是 MUNI（路面公交车、地上地下的有轨电车）和 BART（地铁）。

Bart路线只有一条，覆盖景点很少，主要是给住在 周边城市的人进城用的，所以其实游客不太会坐这个。市中心外的大 地区还有很多别的系统，不过游客就更不用担心那些了。


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Clipper卡

划重点：Clipper卡是面向本地人的，并不是面向游客的。游客用起来只会更麻烦+贵。

Clipper卡是通用储值卡，包括Muni、Bart、以及其他大 地区的交通系统。

Clipper卡成本费$3。只有在网上买、并且设置好余额不足$10自动充值才会免成本费。退卡和退余额不但要邮寄一个表格过去，还要收$5的手续费。这对游客来讲基本是100%不划算的。

Clipper相关信息： clippercard.com


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Muni Passport

这是我勉强可以推荐的游客用交通卡。Muni Passport包括的交通方式是Muni和cable car（铛铛车），不包括Bart。

价格如下：
1日Muni Passport - $21
3日Muni Passport - $32
7日Muni Passport - $42
最新信息：***

我们来算算账：
Muni票价$2.75（90分钟内免费转乘）、铛铛车票价$7。
拿答主需要的3天Muni Passport（$32）来算，假设坐一次铛铛车体验一下，扣掉$7之后，3天总共坐10次Muni、或者平均每天坐3次以上才能值回票价。

这个值不值主要看你每天要跑多少个景点了，但 很多景点之间都可以靠走的，我也非常推荐游客多走一走（或者租自行车），深度体验一下这个城市。平均每天坐3次以上（而且90分钟内免费换乘哦）的概率并不是很大。3天观光路线安排好点的话，每天坐2-3次公交就够了。

Muni Passport在 机场和市内很多网点都有卖，具体地址看这里的地图：***


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San Francisco CityPASS

这个我不是很推荐。CityPASS售价$89，9天内有效，包括无限坐Muni和铛铛车以及几个景点的门票。

这几个景点是：
- California Academy of Sciences 加州科学院 <- 非常推荐，票价$36
- Blue & Gold Fleet Bay Cruise Adventure 湾一小时游艇游 <- 一般推荐，票价$31
- Aquarium of the Bay 渔人码头水族馆 <- 不推荐，特别小，票价$25
- Exploratorium 探索博物馆 【或】de Young Museum 笛洋美术馆，并不能两个都去 <- 一般推荐，票价$30（探索博物馆）或$15（笛洋）

4个景点票价全部加起来自然是超过CityPASS的价格的，但其实3天行程的话能去两个就很不错了，所以短期的 游并不推荐CityPASS（除非4个景点里你确定要去至少3个）。

CityPASS可以在网上买（自己打印或寄到家），或者在CityPASS中包括的那几个景点买。

San Francisco CityPASS相关信息： ***

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没买交通卡， 天气不错，9月去的时候温差较大，白天非常晒，到晚上要穿厚风衣，从美术馆到金门大桥我是直接步行的，九曲花街到渔人码头，我是坐的铛铛车，也是当地的一种特色，可以体验一下。

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我记得交通卡比较合算的是7天。不过只能坐公共汽车。虽然也包括了当当车这样的，但即使是孩子，坐几次也就没意思了。3天的话，看你是不是经常转场吧。
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我也是三天，基本靠走路，金门大桥都是骑行，不过也可以买，毕竟路太难走了，投币也可以坐公交的
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